嬴政的父亲不是吕不韦，而是秦庄襄王。
秦始皇嬴政和吕不韦之间曾经存在密切的关系。在嬴政即位之前，吕不韦是他的政治和军事顾问，帮助他成功登上了王位。然而，在嬴政即位后，吕不韦逐渐失宠，被解除了相位。后来，吕不韦因为与赵姬的牵连而被流放，最终自杀身亡。
总之，在嬴政与吕不韦的关系中，两人之间的关系经历了从密切到疏远的转变。
目前学术界对秦始皇的生父问题存在较大分歧，唯一没有分歧的是秦始皇的生母是赵姬。
《史记·吕不韦列传》记载，秦始皇的母亲赵姬原是吕不韦的姬妾，吕不韦将赵姬献给异人，后来赵姬至大期生子名政;又《史记·秦始皇本纪》记载，“秦始皇帝者，秦庄襄王子也。庄襄王为秦质子于赵，见吕不韦姬，悦而取之，生始皇。”如果赵姬是先怀孕后嫁给异人的，而且是嫁给异人一年以后生下的秦始皇。这样我们可以算一下时间，在当时医术十分不发达的情况下，要知道自己怀孕恐怕要一个多月吧，这样算来秦始皇是被怀了十三个月才出生的，虽然我国古代有着丰富的记载，但是依照现代医学理论和现代医学解释，这种情况是不可能出现的。所以就单凭赵姬原是吕不韦的姬妾，就说嬴政应该是吕不韦之子是明显站不脚的有人据此推断。
秦始皇的生父是谁有三种意见。第一种意见：认为此事说不清，目前不好做定论，暂时搁在一边，这不影响对秦始皇功过的评价。
第二种意见：认为秦始皇的生父是异人。因为记载此事的主要证据只有《史记》，而另一部重要史书《战国策》没有记载。没有旁证材料，显得力量不足。还有人认为，说秦始皇是吕不韦的儿子是那些仇视秦朝、憎恨秦始皇的好事者加上去的;是故意丑化秦始皇，其用意是，嬴秦在灭六国之前，就先灭亡了，不是秦灭六国，而是六国灭秦。
第三种意见：认为秦始皇就是吕不韦的儿子。《史记》记载得很清楚，就史料而言，《史记》的说法似乎有些单薄，但从司马迁对历史事件记载的严肃态度分析，还是不要轻易否定为好。我们每个人都可以发表不同的意见。
我们再用生活常识深入分析吕不韦、赵姬、异人，会发现这件事更有意思了。
按照《史记》的记载，赵姬怀孕之事只有吕不韦知道，那异人知道不知道呢?
一个可能是不知道，他色迷心窍，看不出来，也没感觉，也不怀疑。从赵姬怀嬴政为“大期”可知，赵姬足月出生嬴政，异人一算时间，没错，是我的孩子。
再一个可能是他后来发现赵姬怀的孩子不是他的，但是守口如瓶，打死也不能说，此事一旦传到秦国，他的孩子是个野种，异人的嫡子地位肯定泡汤了。
人们都说，孩子是父母爱情的结晶，孩子身上有父母的遗传基因，长相最明显。一般而言，孩子的长相一定有的地方像父亲，有的地方像母亲，有的地方是父亲母亲的结合体。如果孩子一点都不像父亲，只有像母亲的地方，那可就怪了!一定有问题!如果这孩子是吕不韦和赵姬所生，这孩子肯定长得不像异人。异人有那么傻，一点儿破绽也看不出来吗?异人见孩子越长越不像自己，而怎么看怎么都像吕不韦，那不吓死才怪，如果真传出去，他的孩子是别人的，是个野种，在非常重视血统的王室，怎么会容他，他的太子地位肯定会丢的。
据分析，异人、吕不韦、赵姬，也可能达成了某种默契;或心照不宣，吕不韦为了政治投机成功，赵姬为了当上王后，异人为了当上秦王，他们各有各的打算，谁也不说，谁也不点破这层窗户纸，都忍着。尤其异人，打死也不能说，这可是人头落地的大事!后面事情的发展，极可能与这个问题有关。
亲子鉴定，用现代科学技术检验并不难，但要准确测定二千多年前的古人就不容易了，也许等秦始皇陵挖掘的时候真出现了秦始皇的尸骨，还要找到吕不韦的尸骨，甚至异人(庄襄王)的尸骨，才能准确判断秦始皇究竟是谁的儿子。只是由于考古技术、资金等原因，秦始皇墓目前还不能开挖。
据《史记》记载：秦始皇十三岁(公元前246年)即秦王位，即位后不久，就在郦山开始营建陵墓。统一天下后，又从全国征发来七十多万人参加修筑。直至秦始皇五十岁死葬时(公元前210年)还未峻工，秦二世时又接着进行了两年，前后费时近四十年，真可谓工程浩大。许多考古工作者认为，秦始皇未遭破坏，他还在墓中安眠。